docs: separate design reference queue

- 将不直接执行的 process-reference 文档迁入各域 reference 目录

- 更新 design/README、AGENTS 和总序文档，固定 process/draft/reference/done 目录语义

- 修正活跃文档中指向旧 process 位置的参考链接

验证：git diff --check；codegraph sync .

design/09-siyuan-reference/reference/9-siyuan-reference-boundary-and-adoption-v1.md

@@ -1,8 +1,8 @@
-# 9 [process] SiYuan 参考边界与可借鉴能力 v1
+# 9 [reference] SiYuan 参考边界与可借鉴能力 v1
 
 > 更新时间：2026-05-11
 >
-> 当前状态：`process-reference`。本文只保留思源参考边界与可借鉴能力，不覆盖 `01-05` 当前优先级，也不作为当前执行 checklist。
+> 当前状态：`reference`。本文只保留思源参考边界与可借鉴能力，不覆盖 `01-05` 当前优先级，也不作为当前执行 checklist。
 >
 > 上位依据：
 > - `/mnt/Data1T/mnote/ARCHITECTURE.md`
@@ -10,7 +10,7 @@
 > - `/mnt/Data1T/mnote/design/01-tree-first-graph-kernel/process/1-tree-first-graph-kernel-v1.md`
 > - `/mnt/Data1T/mnote/design/03-rust-web/process/3-rust-web-long-term-architecture-v1.md`
 > - `/mnt/Data1T/mnote/design/03-rust-web/process/3-3-rust-web-tree-realtime-event-stream-v1.md`
-> - `/mnt/Data1T/mnote/design/05-editor-mainline/process/5-5-page-aggregate-single-truth-alignment-v1.md`
+> - `/mnt/Data1T/mnote/design/05-editor-mainline/reference/5-5-page-aggregate-single-truth-alignment-v1.md`
 > - `/mnt/Data1T/mnote/design/06-mindmap/process/6-mindmap-kernel-phase6-projection-editor-v1.md`
 >
 > 外部参考：