feat: Page AI Reasonix desktop session alignment, settings IA cleanup, knowledge RAG hardening

- ACP client/session manager: Reasonix desktop live session context
- Hermes tools: knowledge_rag tool manifest and skill updates
- Browser runtime: sidebar page AI permission/profile/render/session/tree modules
- Routes: hermes_client, hermes_tools, knowledge_rag, web_shell
- Scripts: reasonix ACP wrapper, LightRAG MCP, smoke tasks 159/558/559/561/562
- Skills: mnote-knowledge-rag and mnote-lightrag-bridge SKILL.md updates

skills/mnote-lightrag-bridge/SKILL.md

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 name: mnote_lightrag_bridge
-description: Use when an agent has LightRAG references or file_path/chunk_id and must convert them into MNote clickable citation links or openable local resource locators. Pair with lightrag_native for retrieval, but use this bridge for MNote source registry and citation/open-reference mapping.
+description: Use when an agent must query MNote's LightRAG-backed knowledge library through MNote source registry, or convert LightRAG references/file_path/chunk_id into clickable MNote locators.
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 # MNote LightRAG Bridge
 
-用途：把 LightRAG 原生检索结果映射成 MNote 可点击、可打开、可定位的引用。它不是检索系统本身。
+用途：把 agent 的资料库查询稳定路由到 MNote `knowledge_rag` facade，并把引用映射成 MNote 可点击、可打开、可定位的 locator。
 
 ## 工具分层
 
-- `lightrag_native`：LightRAG 原生 MCP，负责 `query_text`、`query_data`、graph、documents、pipeline。
-- `mnote_lightrag_bridge`：MNote bridge，负责 source registry、`file_path/chunk_id` 映射、`citationUrl`、`openAction`。
+- `mnote_lightrag_bridge.mnote_knowledge_rag_query`：首选资料库问答入口，调用 MNote `/api/knowledge-rag/query`，返回已映射的 references/citations。
+- `mnote_lightrag_bridge.mnote_knowledge_rag_section_context`：按 `documentStructureIndex` 中的 section range 拉取有限 sidecar blocks/chunks，用于大书/长文档二次阅读，不做召回或重排。
+- `mnote_lightrag_bridge.mnote_knowledge_rag_open_reference` / `open_mnote_reference`：把 `file_path/chunk_id` 映射为 `citationUrl`、`openAction`。
+- `lightrag_native`：只在需要 LightRAG 原生 graph/documents/pipeline 管理时使用；普通资料库问答优先走 MNote bridge，避免绕过 source registry 和 citation contract。
 
 ## 使用流程
 
-1. 先用 `lightrag_native.query_text` 或 `lightrag_native.query_data` 做资料库检索。
-2. 从返回的 `references[]` 里取 `file_path`，有 `chunk_id` 时一并保留。
-3. 调用 `mnote_lightrag_bridge.open_mnote_reference`，输入 `file_path` / `chunk_id` / `workspace_id` / `root_uri`。
-4. 最终回答引用 bridge 返回的 `citationMarkdown` 或让 MNote UI 渲染 citation；不要手写 `/documents`、`file://`、LightRAG dashboard URL。
+1. 资料库问答直接调用 `mnote_lightrag_bridge.mnote_knowledge_rag_query`；大书/长文档问题传 `source_paths` 并设置 `include_document_structure_index=true`。
+2. 回答依据必须来自返回的 `references[]` / `citations[]`；`documentStructureIndex` 只作章节导航，不单独当证据。
+3. 需要阅读某章节时，调用 `mnote_knowledge_rag_section_context`，传 `source_path` 以及 `start_block_ordinal/end_block_ordinal` 或 `start_paragraph_ordinal/end_paragraph_ordinal`，并限制 `max_blocks/max_chars`。
+4. 如已有 LightRAG 原生 `file_path/chunk_id`，调用 `mnote_lightrag_bridge.open_mnote_reference` 或 `mnote_knowledge_rag_open_reference` 转成 MNote locator。
+5. 最终回答引用 bridge 返回的 `citationMarkdown` 或让 MNote UI 渲染 citation；不要手写 `/documents`、`file://`、LightRAG dashboard URL。
 
 ## 边界
 
 - `file_path` 是 LightRAG provider 内部文件名，不等于用户本地相对路径。
+- 普通问答不要直接调用 `lightrag_native.query_*` 绕过 MNote；否则 citations 可能没有 source registry 和定位信息。
 - 只有 MNote registry 命中的 reference 才能映射回本地资源和页面。
 - `locatorDegraded=true` 时必须说明“来源定位降级”，不能伪造页码、bbox、段落或坐标。
 - 不要用 bridge 做召回、重排、全文 fallback 或资料管理。