chore: land tree view-state, vault, Pi module split, and repo hygiene

Persist PageTree expand state via control-plane view-state and align
chevron/DOM with restored expansion; keep Sidex-style shallow page-tree
scan and drop the unused recursive scanner that only added cargo noise.

Add password vault workbench routes/runtime/skill/CLI, split page_ai_pi
into a module package, and retire Hermes/ACP/OpenHub recycle + root
harness evidence from the index while gitignoring recycle and local
diag dumps.

Archive superseded design/bugs docs under old/, point architecture at
ARCHITECTURE.md, and refresh smokes for Pi S1–S7, vault, and editor
regressions so the working tree can stay clean.

skills/mnote-knowledge-rag/SKILL.md

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 # MNote knowledge RAG
 
-> 2026-07-01 口径：当前默认知识库主线切到 RAGFlow。WeKnora 与 LightRAG 只作为 legacy fallback / 显式调试路径，不作为默认资料库问答路径。
+> 2026-07-19 口径：当前默认知识库主线是 **LightRAG**（runtime 默认 `lightrag_legacy` / `lightrag`）。WeKnora 与 RAGFlow 只作为 env 显式切换的备用 / 调试路径，不是普通资料库问答默认。
 
-使用场景：用户要求“资料库问答”、跨多本书/论文/PDF/Office 附件问答，或明确需要 RAGFlow 知识库结果。
+使用场景：用户要求“资料库问答”、跨多本书/论文/PDF/Office 附件问答，或需要可回跳 citation 的知识库结果。
 
 工具使用：
 
 - 先用 `mnote.knowledge_rag.status` 检查当前知识库 provider 是否可用、当前 root 是否有 source registry。
 - 用 `mnote.knowledge_rag.query` 提问。指定资料细节时可传 `sourcePaths`，但当前语义是 provider 检索后，MNote 只过滤返回的 `references`；不要把 `raw` 当作已被 scope 限制的来源。
-- 当前 RAGFlow provider 的 MNote 后端 query/search/ingest adapter 尚未完成时，先打开 `/knowledge` 使用 RAGFlow 原生页面验证上传、解析、检索、citation 与 `positions`。
-- 如果返回 `documentStructureIndex`，它只是一张章节地图。需要阅读某个章节范围时，调用 `mnote.knowledge_rag.section_context`，传 `sourcePath` 以及 `startBlockOrdinal/endBlockOrdinal` 或 `startParagraphOrdinal/endParagraphOrdinal`，并限制 `maxBlocks/maxChars`。
-- 回答必须引用 `references` 中的来源；优先使用返回的 `citationMarkdown`。
+- 对大书/长文档：query 时传 `includeDocumentStructureIndex=true`（或等价字段）。如果返回 `documentStructureIndex`，它只是一张章节地图；需要阅读某个章节范围时，再调用 `mnote.knowledge_rag.section_context`，传 `sourcePath` 以及 `startBlockOrdinal/endBlockOrdinal` 或 `startParagraphOrdinal/endParagraphOrdinal`，并限制 `maxBlocks/maxChars`。
+- 回答必须引用 `references` 中的来源；优先使用返回的 `citationMarkdown`。不要在最终回答中手写 `/documents`、`mnote://`、`file://` 或搜索引擎包装链接。
 - 若需要打开来源，调用 `mnote.knowledge_rag.open_reference`，不要手拼 provider dashboard、`file://` 或 provider 内部路径。
-- 如果当前 Agent runtime 只有 MCP 入口，优先调用当前 RAGFlow MCP / provider-neutral bridge；WeKnora、`mnote_lightrag_bridge.*` 和 `lightrag_native.*` 只用于 legacy fallback 或显式调试，不作为普通问答首选。
-- 引入或变更 RAGFlow bridge、`mnote.knowledge_rag.*` 工具、citation 渲染或 open-reference 映射后，必须跑 Page AI 浏览器验收：AI 可见回答包含 citation 链接，点击该链接后 MNote 能打开对应资源并落到 locator。
+- 如果当前 Agent runtime 只有 MCP 入口，优先走 provider-neutral 的 `mnote.knowledge_rag.*` / MNote LightRAG bridge；`lightrag_native.*` 只在需要原生 graph/documents/pipeline 管理时使用，不要用它绕过 source registry 和 citation 映射。
+- 引入或变更 LightRAG bridge、`mnote.knowledge_rag.*` 工具、citation 渲染或 open-reference 映射后，必须跑 Page AI 浏览器验收：AI 可见回答包含 citation 链接，点击该链接后 MNote 能打开对应资源并落到 locator。
 
 边界：
 
 - 知识库 provider 是派生缓存，不是 MNote Markdown 正文真相。
 - `filePath` 是 provider-local 名称；只有 registry 命中的 reference 才能映射回 MNote source。
 - 如果返回 `locatorDegraded: true`，可以使用返回的 `citationMarkdown`，但必须明说“来源定位降级”，不要伪造页码、bbox 或 provider 内部路径。
-- 当前 provider 不可用时，不要声称资料库已查到；提示用户启动或检查 RAGFlow provider。旧 WeKnora / LightRAG / LiteParse / evidence 检索已退役，不作为默认 fallback。
+- 当前 provider 不可用时，不要声称资料库已查到；提示用户启动或检查 LightRAG / 知识库服务。旧 WeKnora / RAGFlow / LiteParse / `mnote.evidence.*` 本地 evidence 检索不作为默认 fallback。
 - MNote 的职责不是重排、补召回或再做一套全文搜索；MNote 只做 allowed roots、source registry、结果过滤、有限 section context 和 citation/open-reference 映射。
+- 兼容 skill 别名：`mnote-document-evidence` / `mnote-local-index` 只解析到本 skill，不恢复旧 evidence/index 工具面。